Файл того же размера до байта? По-моему вероятность этого не больше, чем одновременный аплоад файлов двумя пользователями
К тому же по умолчанию файл после загрузки во флешку сразу удаляется, а если не удаляется, то переносится в пользовательскую папку с переименовыванием и внесением в данные аккаунта юзера.
То, что не удалено, удаляется по крону.
Так что с этим уже все в порядке.
А вот с задержкой он комплита аплоада ничего не понятно. оказалось, что пауза пропорциональна размеру файла.
Наверное имеет смысл объединить в работу прогрессбара аплоад и загрузку во флешку на стороне пользователя, так будет понятнее, вот только как это сделать....