[MerlinTwi]

Как я понимаю, вопрос был в каком формате хранятся пиксели в ByteArray.
Аналогично этому:

var ar:Array = new Array();
for (var y:int=0; y<bitmap.height; y++) {
	for (var x:int=0; x<bitmap.width; x++) {
		ar.push(bitmap.getPixel32(x,y));
	}
}

И поскольку в byteArray пиксели записываются как unsigned integer, то читах их следует не побайтно, а с помощью readUnsignedInt:

byteArray.position=0;
while (byteArray.position < byteArray.length) {
	trace(byteArray.readUnsignedInt().toString(16));
}

А то, что copyPixels работает быстрее надо просто принять как факт, скорее всего там происходит тупо копирование куска памяти в то время как в getPixels и setPixels создание нового объекта ByteArray с последовательным преобразованием пикселей туда обратно.