Удалять нужно не функцию, а setInterval таким образом:

Код:
var intervalID:Number=setInterval(mySpark, 500);
i=1;
function mySpark() {
attachMovie ("spark", "my", i, {_rotation : Math.floor(Math.random()*360), _x:200, _y:200});
i++;
if (i > 50) {
i=1;
clearInterval(intervalID)
};
}