Декомпилер все равно оставляет мелкие косячки во фла-файлах: путает мувы, моушены, да и код все равно будет отличаться от оригинала.
Кстати, насчет защиты свф-файлов, можно использовать
ActionScript Obfuscator Lite 13 - при декомпиляции код будет иметь нечитаемый вид.