[Nox Noctis]

не совсем так...
файл лежит и там и там, это верно, но тот что в папке First Run - используется по умолчанию для всех пользователей, а тот что в юзерской папке - тот персональный.

если у дефолтовой хмлки дата изменения позже чем у юзерской хмлки (или у юзера вообще нет этой хмлки) - то она копируется юзеру. в противном случае юзер пользуется своей собственной хмлкой настроек.

можно конечно менять настройки и прямо в папке фёрст ран, принципиальной разницы нет. но лучше всё-таки не трогать дефолтовый файл, чтобы была возможность к нему вернуться...