А ты время с сервера то берёшь?
Замени

Код:
if(sec!=true) {
//Здесь будут подсасываться переменные из PHP
sec=55;
min=12;
hour=24;
}
на

Код:
php=new LoadVars();
php.sendAndLoad("timer.php", php, "GET");
php.onLoad = function(success) {
if (success) {
sec=php.sec
min=php.min
hour=php.hour
}
};
А в timer.php:

Код:
<?php
echo "&sec=".date("s")."&min=".date("i")."&hour=".date("H");
?>