[SPV]

Апач можно было установит куда угодно, а вот перл с c:\usr\bin
У тебя путь можно написать такой:
#!/Apache/usr/bin/perl
Если скрипты простые, без множества используемых библиотек, то можнол просто создать папку c:\usr\bin и скопировать туда только один файл perl.exe
Или сделать ещё проще - находишь файл настроек апача:
С:\Apache\conf\httpd.conf
И вставляешь туда строчку:
ScriptInterpreterSource registry
Перезапускаешь апач и он будет вообще игнорировать первую строку скрипта и брать путь к перлу из реестра.