[Zebestov]

Не ) так любой может. Если сделать это до упаковки — это всего лишь сделает каждый спрайт на 2 пикселя шире-выше, что и будет отражено в конфиге атласа.
Тут два варианта:
1. Надо в уже готовом атласе продублировать пиксели по краям для отдельных спрайтов.
2. Пойти твоим путем, упаковать, но потом пройтись по конфигу атласа и откорректировать координаты отдельных спрайтов: сдвинуть на 1px вправо-вниз и убрать по 2px из ширины-высоты.