[Nooob]

решал эту проблему на OpenGLES, но для Stage3d могу посоветовать:
1 вариант: продублировать 1 px по краям и отключить/включить(не помню точно, нужно экспериментировать) сабпиксельное сглаживание <2d,clamp,nearest,nomip> и попробовать отключить/включить antialiasing в configureBackBuffer
2 вариант: рисовать одним drawCall, все тайлы должны быть в одном вершинном буфере, текстура должна рисоваться во фрагментном шейдере (если их до 8) приемом "multitexturing" со значением смешивания в вершинах или если используется AGAL2 через if или одним атласом (если атлас вмещается в 2048 или если BaselineExtendedProfile то 4k+)