[ZackMercury]

const OBJ_SIZE:int = 50;
var objects:Array = [];
 
function addObject(x:int = 0, y:int = 0):Shape
{
	var shp:Shape = new Shape();
	var g:Graphics = shp.graphics;
	var gradientMatrix:Matrix = new Matrix();
	gradientMatrix.rotate(Math.PI/2);
	gradientMatrix.scale(0.05, 0.05);
	gradientMatrix.translate(20, 20);
	g.beginGradientFill(GradientType.LINEAR, [0xFF0000, 0x0000FF], [1,1], [0x00, 0xFF], gradientMatrix, SpreadMethod.PAD);
	g.drawRoundRect(0, 0, OBJ_SIZE, OBJ_SIZE, 10, 10);
	g.endFill();
	g.beginFill(0xFFFFFF);
	g.drawCircle(OBJ_SIZE/2, OBJ_SIZE/2, OBJ_SIZE / 4);
 
	addChild(shp);
	shp.x = x;
	shp.y = y;
	return shp;
}
 
stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN, onStageClick);
function onStageClick(e:MouseEvent):void
{
	objects.push(addObject(e.target.mouseX, e.target.mouseY));
	for(var i:int = 0; i < objects.length; i ++)
		objects[i].alpha = (1+i)/objects.length;
}

Добавлено через 1 минуту
stage - контейнер, но он вам дан не для того, чтобы вы в него добавляли детей.
Изначально он имеет 1 ребёнка: ваш главный класс. Вы можете увидеть имя ребёнка написав

trace(stage.getChildAt(0));

хотел написать так что бы при каждом клике экземпляр добавлялся в порядковый индекс

При каждом addChild новый объект всегда будет поверх остальных(в индексе (numChildren-1)).
Если вам нужно добавлять в конкретный индекс, то вам нужен метод
http://help.adobe.com/ru_RU/FlashPla...l#addChildAt()