[caseyryan]

При изменении матрицы, изменения с объектом, которому она принадлежит не происходят. После изменения матрицы, ее нужно снова задать этому объекту.

То есть что получается. Есть у объекта свойство properties.
Сначала мы получаем эти свойства через someObj.properties. Тут их можно прочитать и посмотреть что же там внутри. Дальше можно задать им новые значения

var props:Object = someObj.properties; // берем
props.someValue = newValue; // меняем значения
 
someObj.properties = props; // снова отдаем

и снова передать сеттеру объекта.
Ну а в сеттере уже прочитать их и провести нужные изменения, что-то вроде

public function set properties(value:Object):void {
   for (var i:String in value) {
       this[i] = value[i];
   }
   _properties = value;
}