[Hauts]

Привязывайтесь к фпс флэшки, то есть onEnterFrame. В нём уже берете значение прошедшего с последнего обновления времени. Это значение используйте для вычислений.

setInterval для основного апдэйта приложения — плохая практика. В любом же случае у вас рендеринг будет, к примеру, 30 кадров в секунду, а интервал будет по три раза на один рендеринг прогоняться, а это бессмысленно в большинстве случаев.

Нужно динамически менять скорость приложения? Физики и т.п.? Можно попробовать так:

var prevTime = getTimer();
var timeSpeed = 1; // Коэффициент скорости течения времени
function globalUpdateMethod(){
    var currentTime = getTimer();
    var delta = currentTime - prevTime;
    prevTime = currentTime;
 
    myPhysics.advanceTime( delta * timeSpeed )
}
this.onEnterFrame = globalUpdateMethod;