[alexandrratush]

Как "экземпляр может выполнить код", если это грубо говоря только ссылка на объект.
Экземпляр может выполнить код разве что так: spaceship3.x = 50; ну об этом я и написал.

Я имел ввиду это:

// Метод перемещает корабль
public function moveShipY(value: Number):void
{
   // Перемещаем наш корабль
   this.y += value;
}

Тут перемещается только тот корабль, над которым вызван метод moveShipY, а не все созданные экземпляры. Если есть spaceship1 и spaceship2, и мы вызовем метод

spaceship2.moveShipY(20);

, то переместиться только spaceship2.

Добавлено через 9 минут

А чтобы засунуть в класс Spaceship ссылку на spaceship3, то это уже... какие-то рекурсивные извраты, разве нет? : )

Это делать и не надо, для этого и есть this. Пример:

var ship: Spaceship = new Spaceship();
ship.name = 'корабль1';
 
var ship2: Spaceship = new Spaceship();
ship2.name = 'корабль2';

Метод getName класса Spaceship возвращает имя корабля:

public function getName():void
{
   trace(this.name);
}

И если вы сделаете так:

ship.getName();   // корабль1
ship2.getName();   //// корабль2

То есть метод getName знает над каким экземпляром он был вызван, с помощью того же this.