Суть проблемы описана сумбурно, но думаю что решение в следующем:
1)
Код AS3:
private function onCompleteHandler(loadEvent:Event):void
здесь я так понимаю вы слушаете событие, приходящее от LoaderInfo, соотв. и loadEvent.currentTarget также будет являться экземпляром класса LoaderInfo. Обращаться к загруженному мувиклипу нужно как loadEvent.currentTarget.loader.content
2) В загружаемых клипах ВСЕГДА ставьте листенер на Event.ADDED_TO_STAGE и по этому событию - уже начинайте выполнение своего кода. В противном случае вы не можете предсказать момент, когда код в загружаемом мувике начнёт выполняться!
p.s. И вообще код на таймлайне, тем более вложенных мувиков - очень очень ненадёжный вариант. Лучше не ленитесь - делайте классы для мувиков, в которых нужен какой то код, сложнее чем stop() и gotoAndPlay()