Есть подозрения на неверную точку начала отсчета координат мыши. в AS3 координаты мыши могут быть как глобальными, на весь стейдж, так и локальными, на мувиклип. Глобальная координата считается от верхнего левого угла стейджа, а локальная от верхнего левого угла (или точки привязки, поправьте если кто точно знает) мувиклипа. У вас скорее всего координата мыши считается локально, у каждого шарика в отдельности.
Могу предложить следующее - заменить слушатель события EnterFrame на MouseMove, при этом сам слушатель насильно привязывать к stage, тогда координаты точно будут абсолютными.

Код AS3:
package
{
import flash.display.MovieClip;
import flash.events.Event;
import flash.events.MouseEvent;
public class MC extends MovieClip
{
var homex:int;
var homey:int;
var magnet:int;
var x0:int;
var y0:int;
var x1:int;
var y1:int;
var distancex:int;
var distancey:int;
var distance:int;
var powery:int;
var powerx:int;
var forcex:int;
var forcey:int;
public function MC()
{
this.addEventListener(Event.ADDED_TO_STAGE,addS);
/*Переносим регистрацию обработчика в слушатель добавления на сцену (нужно слушать именно там, так как только там узнаем ссылку на stage*/
}
function addS(e:Event):void
{
homex=this.x;
homey=this.y;
magnet=5000;
//Слушатель добавляем после получения ссылки на stage (после добавления на экран) и именно на stage, а не на this.
stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_MOVE, mousePosition);
}
//Для приличия поменяем название обработчика
function mousePosition(e:MouseEvent):void
{
x0=this.x;// КООРДИНАТЫ В ДАННОМ КАДРЕ
y0=this.y;
x1=mouseX;// КООРДИНАТЫ МЫШИ
y1=mouseY;
/*
*Как вариант можно написать
x1 = stage.mouseX;
y1 = stage.mouseY;
*/
distancex=x1-x0;// РАСТОЯНИЕ МЕЖДУ КУРСОРОМ И this ПО Х И У
distancey=y1-y0;
distance=Math.sqrt(distancex*distancex+distancey*distancey);//ДИАГОНАЛЬ
powerx=this.x-distancex/distance*magnet/distance;
powery=this.y-distancey/distance*magnet/distance;
forcex = (forcex + (homex - x0) / 2) / 1.660000;
forcey = (forcey + (homey - y0) / 2) / 1.660000;
this.x=powerx+forcex;
this.y=powery+forcey;
}
}
}
Хотя вполне возможно что не придется возиться с проверкой события на stage, а просто поменять две строчки

Код AS3:
x1=mouseX;// КООРДИНАТЫ МЫШИ
y1=mouseY;
на

Код AS3:
x1=stage.mouseX;// КООРДИНАТЫ МЫШИ
y1=stage.mouseY;
Но тогда есть вероятность получения ошибки нулевой ссылки если обработчик нового кадра начнет выполняться раньше добавления на сцену. В общем событие MouseMove или EnterFrame лучше регистрировать по добавлению на сцену, в вашей addS(e);
Попробуйте и так и так, отпишитесь о результатах)