[Wolsh]

Потому что у Вас ответственности не распределены между функциями.
addBall у Вас не шарик добавляет, как заявлено в названии, а проверяет прошедшее время И добавляет шарик. А onLoop делает addBall на каждый кадр, хотя в Вашем же задании сказано — раз в три секунды.
Вы можете сказать — "Да какая разница, как я назвала функции". Язык потому и "язык", что через слова выражается логика. Поместите проверку времени в onLoop. На каждый кадр Вы проверяете, сколько прошло времени — логично? Если прошло 3 секунды, вызываете addBall — логично? В addBall просто добавляете новый шарик. А чтобы первый шарик появлялся сразу, вызываете addBall в конструкторе, и потом начинаете слушать ентерфрейм.

Но сам по себе способ использовать getTimer конечно неудачный. В таком приложении логика требует просто задать интервал, через который совершается действие. А getTimer нужен для другого, для измерения прошедшего времени.