[KumoKairo]

Нет, не надо первый шарик в конструкторе
У вас переменная объявлена сейчас вне конструктора
надо оставить только объявление

private var a:Number;

А уже в конструкторе класса Main присвоить ей значение getTimer();

public function Main()
		{
			balls = new Array();
			addEventListener(Event.ENTER_FRAME, onLoop);
                        a = getTimer();
		}

В функции addBall() поправить так

private function addBall():void
		{
			if (balls.length < 20 && (getTimer()-a)>=3000)
			{
                                a = getTimer();
				ball = new Ball();
				addChild(ball);
				ball.setRandomPosition();
				balls.push(ball);
			}
		}

Ну и в самом классе ball поправить функцию move, сделать её как обработчик события EnterFrame