1. Почему у вас в <object> имя флешкиного объекта

Код:
<param name="movie"
а в <embed>

Код:
name="Flash_JS"
?
Сделайте тогда тоже movie, иначе в разных браузерах флешкин объект в DOM-струкутре по разному поименуется, и JS-код для управления не везде сработает.
2. Как работает ExternalInterface.addCallback ?
Рассмотрим вашу запись:

Код AS1/AS2:
ExternalInterface.addCallback('sendFromJS', null, recieveFromJS);
Здесь вы регистрируете на HTML-странице для флешкиного объекта JS-метод по имени
sendFromJS, при вызове которого из JS:

Код:
document.getElementById('movie').sendFromJS();
внутри флешки вызовется ее функция
recieveFromJS.
Создайте такую функцию во флеше и пусть она будет делать то, что надо, например, останавливать плеер:

Код AS1/AS2:
function recieveFromJS()
{
//некие действия по остановке плеера
}
То есть вот это

Код:
window.document.movie.stop()
не имеет никакого смысла в данном контексте.
И имя функции sendFromJS()

Код:
<script>
function sendFromJS() {
...
}
</script>
желательно изменить, чтобы оно не совпадало с именем метода флешки sendFromJS(). Во избежании путаницы.
Лучше как-то так:

Код:
<script>
function manageFlash() {
document.getElementById('movie').sendFromJS();
}
</script>
и тогда

Код:
<input type="button" id="button" value="стоп Flash" onclick="manageFlash()" />
---------------
3. Есть еще одно соображение. Меня все же смущает ваша запись

Код:
window.document.movie.stop()
Просто в AS1/2 есть встроенный метод stop(), который останавливает текущий таймлайн.
Такое ощущение, что вы используете какой-то готовый плеер, в котором определен заказной метод stop(). Нехорошо это - в ряде случаев возможен конфликт, и даже я слышал о таком, если мне не изменяет память. Хотя метод объекта DOM-структуры (в роли которого выступает флешка) и встроенный метод внутри той же флешки - это разные вещи, какой-то браузер вроде бы тупил из-за этого.
PS. К "Серверным технологиям" контекст вашего вопроса отношения не имеет, это все взаимодействия на стороне клиента, то есть в браузере. Но путь пока тема будет здесь.