Флешдевелоп умеет это делать одной кнопкой.
Правда муторное это дело. Там требования к оформлению кода покруче чем при компиляции. Если проект нормально компилится и запускается - еще не значит что тулза захочет этот код документировать без рефактора
Но не так страшен черт как его малюют)
Добавлено через 41 секунду
Да и флешбилдер вроде как тоже, но им не пробовал.