[goodguy]

Я такой способ юзаю.

private function arrange():void {
	var sortedItems:Array = [];
	var i:int = numChildren;
	while (i--) {
		sortedItems.push(getChildAt(i));
	}
 
	sortedItems.sortOn("y", Array.NUMERIC);
	i = sortedItems.length;
	while(i--){
		if (getChildIndex(sortedItems[i]) != i) {
			setChildIndex(sortedItems[i], i);
		}
	}
}

(естественно нужно подстваить в код нужный контейнер)
Для увеличения скорости сортировки, можно менять глубину (в дисплей листе) только заданного объекта