1 - Перестать писать код в фреймах и погуглить принципы ооп.
2 -

Код AS3:
public function bombTimeOver()
{
parent.removeChild(this);
stage.bombs_arr.splice(this,1);
stage.numOfBombs = bombs_arr.length;
}
Вы обращаетесь к stage бомбы , у вас не получиться оттуда обратиться к коду в таймлайне. вещайте события лучше.