Естественно. Чтобы все работало нужно отказаться от вложенных функций.
В данном случае, после выполнения кода конструктора, на функцию logoPanelClickListener больше нет никаких ссылок, и сборщик мусора ее может успешно удалить.
Нужно сделать так:

Код AS3:
package
{
import flash.display.*;
import flash.events.*;
import flash.net.*;
import flash.system.*;
import flash.ui.*;
public class test extends Sprite
{
[Embed(source='logo.png')]
private var logoPanelClass:Class;
private var logoPanel:Bitmap = new Bitmap();
public function test()
{
logoPanel= new logoPanelClass ()as Bitmap;
logoPanel.height = 100;
logoPanel.width = 200;
logoPanel.addEventListener(MouseEvent.CLICK, logoPanelClickListener);
stage.addChild(logoPanel);
}
private function logoPanelClickListener(e:MouseEvent):void {
var url:String="http://localhost";
var urlRequest:URLRequest=new URLRequest(url);
var window:String="_top";
navigateToURL(urlRequest,window);
}
}
}