Ну да, при скейле точки отодвигаются от нуля. Откуда им ещё отодвигаться?
Рисуйте, как надо, чтоб 0 был в центре или где там хочется.
Код AS3:
g.drawRoundRect(0, 0, initWidth, initHeight, 20, 20);
->
Код AS3:
g.drawRoundRect(-initWidth/2, -initHeight/2, initWidth, initHeight, 20, 20);
ну и в конструкторе аналогично.