дописать cookies после отправки заголовка
 

можно ли как-нибудь записать cookies если загловок уже отправлен клиенту, ну т.е. например

print header,start_html('A Simple Example');
...
...
...
...
$cookie1 = new CGI::Cookie(-name=>'ID',-value=>123456);
$cookie2 = new CGI::Cookie(-name=>'preferences',
-value=>{ font => Helvetica,
size => 12 );
print header(-cookie=>[$cookie1,$cookie2]);

понятно,что так не сработает, эти куки просто окажуться на экране пользователя, как их нормально закинуть или это уже невозможно?

Можно выставить их ЯваСкриптом уже не клиенте:
print "<script>document.cookie='ID=123456'</script>";