FlashDevelop вполне может работать без Flash IDE. Так же как и во флеш билдере достаточно подключить к ней flex sdk

Ну это понятно, + добавление параметров компилятора и все такое. Но как к нему прикрутить Gaia Framework, чтоб не переходить туда сюда?
Это не такая уж проблема, как кажется на первый взгляд. Gaia все свои операции производит через JSFL скрипты, компиляция, создание шаблон страниц, запуск и прочее.
Интересно как все эти скрипты, можно и без интерфейса, реализовать запуск через Флешдевелоп?
Вот тогда было бы чудо.

А как то же самое вы собираетесь делать в билдере? Всё равно будете работать в 2 приложениях. В Билдере и Flash IDE.

Думаю этот вопрос не мне)
Если уж очень захотеть, можно сделать и для Билдера тоже. Исходники здесь.
https://github.com/stevensacks/Gaia-Framework

И то верно , если уж очень нужен этот фреймворк можно и во флекс его припилить, но вот смысл в этом особый? Можно без фреймворка писать во Флекс, это уже личный выбор каждого, в 4ом тем более можно даже темы делать, для таких задач Билдер лучше всего подойдёт, я ведь просто выразил своё мнение и не заставлял никого так делать.