раз водяной знак имеет фиксированные размеры, и картинки точно совпадают, тогда имхо достаточно взять два прямоугольника (0,0,widh,watermark.top) и (0,watermark.bottom,width,height) и вычесть их друг из друга. 5-10% оставшихся после вычитания цветов скажут о совпадении.