Photoshop не нужен, достаточно автоматизировать скриптом imagemagick для такой нетривиальной задачи

Не суть.

Поддерживаю, для тайлов extrude решает подобную проблему.

Так вроде в фотожопе тоже можно автоматизировать с помощью встроенных инструментов. К тому же, там можно ещё и скрипты писать.
Alt+F9 - панель операций, там можно записывать и воспроизводить.
В инете можно найти примеры как открывать, применять операции, сохранять и закрывать набор изображений.
Вот тут, к примеру, упоминается. https://www.youtube.com/watch?v=mT5c10PHymg

Даже составил вам готовую операцию, ничего не надо делать вручную, достаточно загрузить через меню операций - загрузить операции и применить к набору изображений. Если я, конечно, правильно понял, что надо сделать - добавить ещё один ряд пикселей со всех сторон и скопировать последний ряд в него.

Не ) так любой может. Если сделать это до упаковки — это всего лишь сделает каждый спрайт на 2 пикселя шире-выше, что и будет отражено в конфиге атласа.
Тут два варианта:
1. Надо в уже готовом атласе продублировать пиксели по краям для отдельных спрайтов.
2. Пойти твоим путем, упаковать, но потом пройтись по конфигу атласа и откорректировать координаты отдельных спрайтов: сдвинуть на 1px вправо-вниз и убрать по 2px из ширины-высоты.

Можно еще сгенерить атлас с padding'om в 3 пикселя и затем уже по выше предложенной схеме обработать его фотошопом.