Распознать AIR или WEB

[alatar]

У вас всего три варианта.
1. Как уже писал trng, разделить библиотеку на две (три и т.д.) web и air (может использовать web библиотеку) и подключать в зависимости от типа проекта.
2. Если библиотека идет в исходниках, можно использовать инструменты сборки типа ant и собирать библиотеку вместе с приложением.
3. Проверять среду исполнения с помощью Capabilities и получать необходимые классы через getDefinitionByName().

Если предполагается, что библиотека поставляется в swc формате, то она уже скомпилирована и при сборке проекта используются уже готовые классы из нее, без дополнительной компиляции.