Упрощенная схема такова:
Есть вот такое корневое предложение, задача которого только подгрузить другое предложение.
Main.mxml

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<s:Application xmlns:fx="http://ns.adobe.com/mxml/2009"
xmlns:s="library://ns.adobe.com/flex/spark"
xmlns:mx="library://ns.adobe.com/flex/mx" minWidth="955" minHeight="600"
creationPolicy="all">
<mx:SWFLoader id="subApp1" trustContent="true" source="../subapp/Subapp.swf"/>
</s:Application>
Соотвественно во втором приложение также только вызов Alert.show по нажатию на конпку
Subapp.mxml

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<s:Application xmlns:fx="http://ns.adobe.com/mxml/2009"
xmlns:s="library://ns.adobe.com/flex/spark"
xmlns:mx="library://ns.adobe.com/flex/mx" minWidth="955" minHeight="600"
pageTitle="Subapplication"
xmlns:ns1="*" width="600" height="1000"
creationPolicy="all">
<s:Button id="btnAlert" label="Alert" click="Alert.show('test mess', 'Title')"/>
</s:Application>
В результате получаем Alert-окно, смещенное вверх окна браузера (скриншот:
http://*************/clip/m75928/1302...-clip-10kb.png). Вместа обычного окошка, которое нормально отображается если дочернее приложение вызвать напрямую (скриншот:
http://*************/clip/m75928/1302192880-clip-9kb.png)
Проблему можно решить если в дочернем приложении для Alert указать родительский объект - само приложение

Код:
<s:Button id="btnAlert" label="Alert" click="Alert.show('test mess', 'Title', Alert.OK, this)"/>
Но это крайнее решение, т.к реальное дочернее приложение очень огромное и не хотелось бы заниматься рефакторингом.
Кто нибудь сталкивался с такой проблемой?
Как ее теоретически возможно решить?
Заранее благодарю за помощь!