Остановить (в случае загрузки Loader'ом) вот так

Код AS3:
// myLoader - это объект класса Loader, который загружает флешку
// получаем ссылку на нашу swf-ку
var loadedSWF:MovieClip = myLoader.contenent as MovieClip;
// просто останавливаем
loadedSWF.stop();
// или останавливаем и переходим в первый кадр
loadedSWF.gotoAndStop(1);
Выполнить это действие можно по событию Event.INIT (оно отправляется в момент загрузки первого кадра флешки) либо по событию Event.COMPLETE (флешка загружена целиком). Эти события отправляются объектом Loader.contentLoaderInfo