Автозапуск (для Винды точно работает):

Код AS3:
NativeApplication.nativeApplication.startAtLogin = true;
Можно как свернуть апликуху в трей

Код AS3:
var _trayIcon:TrayIcon = new TrayIcon();
trayIcon.dock();
как и спрятать вовсе.
Таймеры в AS3 поддерживаются, само-собой - примеров в инете очень много.
Открытие нативного окна - что-то типа:

Код AS3:
var options:NativeWindowInitOptions = new NativeWindowInitOptions();
var nativeWindow:NativeWindow = new NativeWindow(options);
nativeWindow.activate();
Вот только мониторинг БД - из коробки только поддержка SQLite. Но решается через NativeProcess.
Хотя, можно и на плюсах... Qt, например...