Нашел об этой проблеме упоминания в интернете но не нашел решения. Проблема в том что после того как видео достигло своего конца и послало сообщение NetStream.Play.Stop, все последующие вызовы seek() сбрасывают позицию воспроизведения (как бы seek(0)). Я как бы нашел вот такое решение:

Код AS3:
case "NetStream.Play.Stop":
_stop();
_play();
stream.seek(streamDuration / 2);
_play();
pause();
Вообще этот кусок кода казалось бы должен установить позицию воспроизведения на середину видео но устанавливает в начало, короче сплошная магия. Надеюсь кто-то с этим встречался, а то уже как бы нужно показывать плеер (я его делаю по работе) а в нем такие баги
