есть ли ссылка в банере

[alexandr2006]

Можно ли как-то (через javascript) узнать есть ли ссылка во флеш банере, кликабелен ли он

[mooncar]

Без соответственной подготовки внутри флешка ничего не ответит JavaScript. Да и переход по клику может быть организован десятком способов.

[alexandr2006]

а какого типа должна быть подготовка?

[mooncar]

Если во флешке был применен метод

ExternalInterface.addCallBack('js_method', instance, as_function);

то в ответ на вызов из JS

document.getElementById('flashNode').js_method();

, где flashNode - флешкин объект в DOM-структуре страницы, то
флешка выполнит as_function и даже сможет передать результат ее выполнения в js_method, и его можно использовать в JS.

[alexandr2006]

на самом деле в ней зашито что-то типа

on (release)
{
    getURL("javascript:script();", "");
}

раз это банер