in4core, достаточно просто положить файл ane в папку lib и подключить его через add to library.
С FlashDevelop есть ещё один не очевидный момент. Нужно в файле Packager.bat дописать путь к ane.
Там есть примерно такая строка:
Код AS3:
call adt -package -target %TYPE%%TARGET% %OPTIONS% %SIGNING_OPTIONS% "%OUTPUT%" "%APP_XML%" %FILE_OR_DIR%
Нужно в конце дописать:
Код AS3:
call adt -package -target %TYPE%%TARGET% %OPTIONS% %SIGNING_OPTIONS% "%OUTPUT%" "%APP_XML%" %FILE_OR_DIR% -extdir lib/
Вот
ссылка на статью. Там в конце подробно написано, как подключить и есть пример приложения.