Слои в редакторе и работают только в редакторе. Ну вот примерный алгоритм...
Код:
//Создаешь мувы на разных уровнях и обзываешь их layer1,2,3...n
//ну и надо представлять, какой мув кого должон перекрывать, т.е. быть выше
// в стеке (применительно к слоям)
_root.createEmptyMovieClip("layer_1",1);
_root.createEmptyMovieClip(layer_n",n);
//Потом аттачишь туда все, что тебе надо,
// расставляешь и будет, как в редакторе.
var mc=layer_1.attachMovie("id","new_id", this.getNextHighestDepth());
mc._x=...;
mc._y=...;
//Есессно, все это лучше в цикле делать.
Удачи.