[-De-]

Ну можно считать время только в моменты тика сервера (клиент время отправки пакета отошлёт сам и может читерить в пределах тика, хрен с ним). И отнимать от (new Date()).getTime() время старта сервера, чтоб "число было поменьше".
Только вот оно тормозить на таких моментах ещё не начало и далеко не факт, что начнёт) Вообще FMS для жесткого реалтайма может не лучшим вариантом быть. И если уж выбрали его, то заморачиваться, что оно там будет тормозить - не стоит, по-моему.