Никогда не получалось добиться плавного движения объектов через использование Timer(), setTimeout(), setInterval(). Видимо они изначально не предназначаются для таких вещей (в AS3.0, во всяком случае). Но, частота кадров, действительно, не может влиять на частоту срабатывания таймера, возможно движение, просто, лучше сглаживается из за высокой частоты.
Лучше используйте
Tween() из пакета fl.transitions., там можно задавать как кадровую длительность выполнения, так и временную (последней, правда, не пользуюсь).