[mooncar]

В режимах wmode="opaque" или "transparent" объект, где появляется флешка (точнее флеш-плеер), является частью страницы, то есть участвует в DOM-структуре, к нему можно обращаться по id, задавать некторые стили CSS, а в режиме "window" - нет, флешка "выпадает" из страницы и появляется всегда сверху как бы в своем собственном виртуальном окне.