Из подводных камней, ну, например то, что симлинк на компилятор положенный в /usr/bin, например, работать не будет т.как компилятор на самом деле просто маленькая програмка, которая запускает JRE и загружает пару jar файлов (пути к которым просто строки). Но, собственно горе не такое уж большое - всего-то прийдтся писать полный путь всегда
Лучше использовать сановский JRE, по крайней мере Адоби им пользуются. А так больше ничего в голову не приходит.