Знакомая задачка.
1) Попробуйте такую запись:
JS:

Код:
<script language="javascript">
function ShowWebSite()
{
var node = document.getElementById('iFrameID');
node.src = 'https://myService.com/show_form?app_params=testable_app_params&format=iframe&sig=54222d8a1c2a9412b91bc0abe62e8040&ts=1296285802';
}
</script>
2) В AS не забудьте импортировать сам класс:

Код AS1/AS2:
import flash.external.*;
3) Локализуйте проблему. Нарисуйте в HTML обычную кнопку и повесьте на нее для проверки вызов
ShowWebSite() :

Код:
<input name="" type="button" onclick="ShowWebSite()"/>
Если заработает, настраивайте вызов уже из флеша - сперва просто функции с фиксированным url, если будет ок, потом уже и с передачей аргумента url.
4) Если все будет ок, теперь можно заняться настройкой расположения iframe НАД флешем. Для этого можно использовать абсолютное позиционирование блока-контейнера с флешем и блока-контейнера с iframe с использованием z-индексов.
Мой пример совместного использования флеша и множественных iframe над флешем, видимость и содержимое которых управляется из флеша (в большинстве разделов там есть такая штука).