[mooncar]

Angelinka, прежде всего используйте для публикации флешки режимы wmode="opaque" или "transparent" (если нужен прозрачный фон). Это если у вас (у заказчиков) сейчас стоит "window". Это влияет на работу флешки в неактивной вкладке.
С ними паузы скорее всего не будет.

А вообще конечно, как здесь говорили, синхронизация не должна зависеть от разных факторов - например от скорости процессоров разных компов, т.е. скорости работы флеш-плагина.