InvokeEvent при запуске приложения. У него есть параметр currentDirectory.
В цинке все проще. Там в пакете System можно поменять (была проблема с путями после инсталла приложения).
Код AS3:
if((invokeEvent.currentDirectory != null)&&(invokeEvent.arguments.length > 0)){
dir = invokeEvent.currentDirectory;
fileToOpen = dir.resolvePath(invokeEvent.arguments[0]);
}