я немного не понял что куда смещается, но советую подписаться на:
Код AS3:
stage.addEventListener(Event.RESIZE, onResizeHandler);
ну или ловить непосредственно момент перехода и там ставить свое окно куда надо.
в соседней теме писали что размеры стейджа из флеша изменить нельзя.