по-моему лучше сделать функцию удаления внутри самого класса бонуса:

Код AS3:
public function removeMe():void
{
if (this.parent.contains(this))
this.parent.removeChild(this);
}
и вызывать уже ее

Код AS3:
if (bonus.hitTestPoint(ball.x,ball.y,true))
{
bon = false;
bonus.removeMe();
}
п.с. Такую запись:

Код AS3:
if (bon == false)
можно заменить такой:

Код AS3:
if (!bon)