ок, не подумал
Решение следующее:
1. В каталог bin/icons кладем иконки в png размеров 128х128, 48х48, 32х32, 16х16 (icon128.png, icon48.png...)
2. В файл application.xml добавляем секцию:

Код:
<icon>
<image128x128>icons/icon128.png</image128x128>
<image48x48>icons/icon48.png</image48x48>
<image32x32>icons/icon32.png</image32x32>
<image16x16>icons/icon16.png</image16x16>
</icon>
Компилируем air и получаем приложение с нашими иконками