Делается примерно так:
-готовим собственно swf.
-по запросу в гугле "swf to exe" находим подходящий конвертер.
-разбираемся с функционалом конвертера, ищем то, что влияет на внешний вид окна (если это вообще есть).
-задействуем.
Например в mdm Zinc все это делается путем выбора нужного стиля окна прямо в
Zinc IDE.
...
Вообще, следует упомянуть, многие такие конвертеры далеко не всегда соблюдают лицензию на распространение плеера, ибо все они все-таки используют плеер по-любому.