Плеер при запуске автоматически прописывает себя в реестр, тем самым заставляя запускаться swf`ки именно последним запущенным плеером. Был 10 дебаг, запустили 9 релиз - и следующая swf`ка будет запускаться в 9 релиз.
Самое лучшее это будет скачать последний debug player
(ссылка для windows), а затем запустить его, закрыть и попробовать скомпилировать приложение.