Попробуйте регистрировать свой класс, через flash.net.registerClassAlias(). То, что для хранения объектов в SharedObject (где используется AMF) регистрировать свой класс надо - я знаю, а вот для ByteArray..
UPD: нужно - вот:
http://blog.webdeely.com/2009/03/sto...-for-air-apps/