[Котяра]

это не проект на flex - это "чистый" actionScript проект вы имели в виду наверное.
во FlashDevelop создайте новый AS3 проект.Редактор создаст вам все нужные файлы и папки и главный класс приложения.
Ресурсы из fla скомпилируйте в swc и киньте её в папку lib, Затем правой кнопкой add to library. Всё - классы будут доступны.