1. Уберите из проекта и больше никогда не используйте эту строку.
Код AS1/AS2:
System.useCodepage= true ;
Это вашу проблему не решит, а иные проблемы у юзеров возникнуть могут.
2. Что касается непосредственно вашей проблемы, вы скорее всего публикуете флешку на странице с режимом публикации wmode="transparent".
Вам придется от этого отказаться. Ни transparent, ни opaque работать с поддержкой кириллицы на вводе не будут. Используйте wmode="window".